מתרחשת כתוצאה מגירוי לא מספק של תפקוד השחלות על ידי הורמונים גונדוטרופיים (GH) של בלוטת יותרת המוח. הפרשה מופחתת או לא מספקת של GH על ידי בלוטת יותרת המוח עשויה להופיע עם נזק לגונדוטרופים שלה או עם גירוי מופחת של גונדוטרופים על ידי הורמון הלוטאין של ההיפותלמוס, כלומר, תת-תפקוד שחלתי משני עשוי להיות ממקור יותרת המוח, היפותלמוס, ולעתים קרובות יותר, מעורב - היפותלמוס-יותרת המוח.
