תקופת הדגירה של שפעת נמשכת בין מספר שעות ליומיים עבור שפעת A ועד 3-4 ימים עבור שפעת B. המחלה מתחילה בצורה חריפה, עם עלייה בטמפרטורת הגוף לערכים גבוהים (39-40 מעלות צלזיוס), מלווה בצמרמורות, חולשה כללית, עייפות, כאבי שרירים ומפרקים. החום מגיע לשיאו עד סוף היום הראשון, בתדירות נמוכה יותר ביום השני של המחלה.
