הגורם לדלקת גרון חריפה הוא בעיקר ויראלי. את התפקיד האטיולוגי המוביל ממלאים נגיפי פארא-אינפלואנזה, בעיקר מסוג 1, אחריהם נגיפי PC, נגיפי שפעת, בעיקר מסוג B, ואדנווירוסים. פחות שכיחים הם נגיפי הרפס סימפלקס וחצבת. זיהום חיידקי ממלא תפקיד פחות באטיולוגיה של דלקת גרון חריפה, אך, ככלל, מוביל למהלך חמור יותר.