הכיוונים העיקריים של טיפול תרופתי במיוקרדיטיס נקבעים על ידי החוליות העיקריות בפתוגנזה של מיוקרדיטיס: דלקת הנגרמת על ידי זיהום, תגובה חיסונית לא מספקת, מוות של קרדיומיוציטים (עקב נמק ודיסטרופיה מתקדמת, טרשת לב שריר הלב), והפרעה בחילוף החומרים של קרדיומיוציטים. יש לקחת בחשבון שאצל ילדים מיוקרדיטיס מתרחשת לעיתים קרובות על רקע זיהום מוקדי כרוני, אשר הופך לרקע שלילי (הרעלה ורגישות של הגוף), התורם להתפתחות והתקדמות של מיוקרדיטיס.