ניתוח EEG מתבצע במהלך ההקלטה ולבסוף עם סיומה. במהלך ההקלטה, מוערכת נוכחותם של ממצאים (אינדוקציה של שדות זרם רשת, ממצאים מכניים של תנועת אלקטרודות, אלקטרומיוגרמה, אלקטרוקרדיוגרמה וכו'), וננקטים צעדים כדי לחסל אותם. מוערכים התדירות והמשרעת של ה-EEG, מזוהים אלמנטים גרפיים אופייניים, ונקבעת פיזורם המרחבי והזמני.