מחלות מעי דלקתיות, כולל מחלת קרוהן וקוליטיס כיבית, הן מחלות התקפיות עם תקופות של הפוגה ומאופיינות בדלקת כרונית של חלקים שונים של מערכת העיכול, מה שמוביל לשלשולים וכאבי בטן.
צמיחת יתר של חיידקים במעי הדק עשויה לנבוע משינויים אנטומיים במעי או מהפרעות בתנועתיות מערכת העיכול, כמו גם מחוסר בהפרשת קיבה. הפרעות אלו עלולות להוביל למחסור בוויטמינים, ספיגת שומן לקויה וחסרים תזונתיים.
שלשול מטיילים הוא דלקת גסטרואנטריטיס הנגרמת בדרך כלל על ידי חיידקים מקומיים בגופי מים מקומיים. תסמיני שלשול מטיילים כוללים הקאות ושלשולים. האבחון הוא קליני בעיקר. הטיפול בשלשול מטיילים כולל ציפרופלוקסצין, לופרמיד והחלפת נוזלים.
דלקת גסטרואנטריטיס היא דלקת של הקרום הרירי של הקיבה, המעי הדק והמעי הגס. ברוב המקרים, זוהי מחלה זיהומית, אם כי דלקת גסטרואנטריטיס יכולה להתפתח לאחר נטילת תרופות וחומרים כימיים רעילים (למשל מתכות, חומרים תעשייתיים).
דלקת לבלב חריפה היא דלקת בלבלב (ולפעמים ברקמות הסובבות אותו) הנגרמת על ידי שחרור של אנזימי לבלב מופעלים. הגורמים העיקריים למחלה הם מחלות בדרכי המרה ושימוש לרעה כרוני באלכוהול.
בזואר הוא גוש מוצק של חומר מעוכל חלקית ולא מעוכל שלא ניתן לפנותו מהקיבה. הוא נראה לעיתים קרובות אצל חולים עם ריקון קיבה לקוי, אשר עשוי להיגרם כתוצאה מניתוח קיבה.
דלקת קיבה אטרופית מטפלסטית אוטואימונית היא מחלה אוטואימונית תורשתית המבוססת על נזק לתאי הקודקוד, מה שמוביל להיפוכלורידריה ולירידה בייצור של גורם אינטרינסיב.
מחלת מנטרייה היא תסמונת אידיופטית נדירה המופיעה אצל מבוגרים בגילאי 30-60 שנים ושכיחה יותר אצל גברים. התסמונת מתבטאת בעיבוי ניכר של קפלי הקיבה בגוף הקיבה, אך לא באנטרום.
