הגורם לדלקת המוח הנגיפית הנישאת על ידי קרציות שייך לסוג הפלביווירוסים. הוויריון כדורי, בקוטר 40-50 ננומטר, מכיל RNA, ומתרבה היטב בתרביות רקמה רבות. מבין חיות המעבדה, עכברים לבנים, אוגרים, קופים וחולדות כותנה רגישים ביותר לנגיף. חיות מחמד רבות רגישות גם הן לנגיף דלקת המוח הנשאבת על ידי קרציות.